1624年，鄭成功出生於日本，本名鄭森。其父為大海盜鄭芝龍，其母田川氏，來自一日本低階武士家庭。歷史上我們對於鄭成功的童年所知甚少，他理當受過日本武士的訓練，但時間不長，鄭芝龍在1631年、也就是鄭成功7歲時就派人到日本將他接回福建受教育。鄭成功很早就展現驚人的學習能力，11歲時便熟讀《春秋》。14歲時，成為秀才。1644年，20歲的鄭成功進入南京國子監進修。也是在同年，北京淪陷、崇禎自縊於景山、南方出現多個反滿武裝集團。其中，鄭芝龍是當中最有實力的軍團。起先，鄭芝龍支持福建的隆武皇帝，而鄭成功也隨父親到了福州。然而，1646年，滿清攻閩，鄭芝龍決心降清，隆武皇帝的軍隊被清軍圍攻，最終隆武投井自盡。至此，鄭成功與父親正式決裂，帶著幾十位親信、兩艘帆船，登上廈門的小島誓言反清。首先，鄭成功在南澳募兵三百，並透過以寡擊眾的方式攻佔泉州附近的武裝的盜賊寨子。鄭成功的軍事技能和統領能力在這些小規模的戰役之中逐漸培養起來。1650年，鄭成功已掌握了一支訓練有素、有實戰經驗的軍團，雖然人數不多，但他們熟悉陸海戰事，於是他們向鄭家的老巢廈門展開祕密的軍事行動。1650年秋天，廈門仍然被鄭氏長親所控制，鄭成功帶著幾十名精兵來到廈門，以迅雷不及掩耳的速度發動了政變。頓時，這位26歲的少年成了東亞海域最強大艦隊的指揮官，控制著4萬人的陸水軍團、以及當時最重要的港口廈門。

1650年年底，在圍困十月之後，平南王尚可喜所率領的清軍終於攻破廣州，是為「庚寅之劫」。義大利傳教士衛匡國在其著作《韃靼戰記》中有這樣一段描述：

大屠殺從11月24日一直進行到12月5日。他們不論男女老幼，一律殘酷地殺死，他們不說別的，只說：『殺！殺死這些反叛的蠻子。』……最後，他們在12月6日發出佈告，宣佈封刀。除去攻城期間死掉之人以外，他們已經屠殺了十萬人。

《韃靼戰記》

除了屠城的悲劇以外，廣州城被滿清攻破，意味著在西南的南明永曆政權與東南沿海被切割開來，經濟受巨大影響。鄭成功決定率軍前往廣州，然而，鄭家軍許多部將對此一行動持反對態度。施琅便是其中一人。施琅認為此時派兵時機不適宜，甚至說他作夢夢到這個行動會有很不好的影響，但鄭成功不接受部將的建議，反而卸除了施琅的指揮權。然而，事實也如施琅所意料一般，鄭氏艦隊在前往廣州的路途上遭遇颱風，造成人力物力巨大的損失。雪上加霜的是，清軍在得知鄭軍南向之後，偷襲了廈門。堂叔鄭芝菀見清軍襲擊，直接放棄抵抗，任清軍進城搜刮。大量的戰備米糧和槍砲被洗劫一空。鄭成功手刃鄭芝菀，並整裝部隊，開始對福建沿海的城市、山寨進行騷擾。鄭成功重新組織部隊單位，每隊壯丁手持兩英吋厚的藤牌，抵擋清軍的箭矢和騎兵部隊，並以長距離的刀刃，混搭火箭、火筒，以守代攻。鄭成功的威望在這過程中逐漸地建立起來，不少地方軍閥加入鄭家軍，從幾十人的乞丐部隊，這時的鄭成功已發展為割據閩南的精銳勢力。

1652年4月，鄭成功陸海軍包圍漳州。大清為解救漳州之圍，出動數百艘戰艦進犯廈門，鄭軍方面也出動戰艦迎擊。雙方交戰於崇武，帝國水師大敗。鄭成功俘獲500艘清軍戰艦、100多艘糧船。這場戰役是明鄭與清帝國水師的關鍵轉捩點，至此之後，明鄭水軍完全輾壓清軍水師。另一方面在陸戰部分，清朝大軍逼近漳州旁的海澄，運用優勢的陸上兵力和砲火，完全壓制了鄭軍的守備。1653年5月，清軍在優勢火力的掩護下開始渡河，一位鄭成功的部將楊英，回憶這場戰役時說道：

矢如雨下，人難站立。我兵站坐死拒。

楊英，《從征實錄》

然而，鄭家軍的敢死隊早在此前便在河道埋伏好了炸彈，待清軍一登上河岸，鄭成功下令引燃火信，地雷轟炸，清兵立時屍橫遍野。楊英回憶說：

此一敵也，死中得生，何啻背水之戰。非本藩善戰親督，不至是也。

楊英，《從征實錄》

至此，清朝的福建陸海軍皆受嚴重打擊。

1655年，滿清再次集結部隊進攻閩南地區。鐵帽子王愛新覺羅濟度率領滿蒙漢軍，進攻明鄭控制的地區，鄭軍在陸戰部份節節敗退，鄭成功決定放棄城池，退守海上。1656年4月，清水師再次集結戰艦，準備進攻廈門，鄭成功也集結主力艦隊於圍頭附近，戰火一觸即發。鄭軍水師大破來犯的帝國戰艦，清朝水師潰散。帝國官員才真正意識到大清在海上完全不是鄭軍的對手，於是在6月，清廷頒布「禁海令」，不許大清船隻與明鄭來往，違者論死。然而，這項政策反而使得明鄭徹底壟斷了東亞一帶的海洋貿易。使得鄭軍更為強大。在這段期間，鄭成功重整軍隊，建立明確的信號系統。此外，他還打造了一支新的菁英部隊「虎衛親軍」，士兵從頭到膝蓋都包覆著重裝鎧甲，手持的盾牌與頭盔皆畫上兇惡的虎面。為的就是對抗滿清強大的鐵騎部隊。

1659年年初，愛新覺羅多尼率領三路大軍進犯永曆政權的首都雲南，鄭成功聞訊，率領1500艘戰艦、十萬大軍、8000匹軍馬、數以千計的水手，往南京前進。義大利傳教士李科羅稱：「這是中國海域有史以來最強大的艦隊」。鄭軍順利地統治了長江沿岸的重點城池，尤其拿下瓜州和鎮江，更是意義非凡，因為這兩座城市位於大運河的節點位置，控制這兩座城，意味著切斷了大清南北的糧食樞紐。鄭成功於此時寫下了一首詩表明他的志向：

縞素臨江誓滅胡，雄獅十萬氣吞吳。試看天塹投鞭渡，不信中原不姓朱。

鄭成功，〈出師討滿夷自瓜州至金陵〉

接著鄭家軍包圍南京城，但是鄭成功只圍不攻，希望南京軍民自願投降。後世許多歷史學家稱，這是鄭成功得意忘形的結果，但實際上，南京城堅若磐石、易守難攻。若發動攻城戰，必消耗大量部隊。若在滿清主力部隊到來之前，便因攻城而有大量消耗，那之後更是難以抵抗機動性較高、火力優勢的滿清軍隊。鄭成功需要的是消滅清軍主力部隊，才有可能真正迫使南京投降。然而，清朝南京指揮官薩哈爾察‧喀喀木出城與鄭成功一決死戰，不熟地形的鄭軍由於兵營之間相距過遠，協調不易，個個被滿清軍隊前後包抄後只能往長江退守。喀喀木通時布置了大清碩果僅存的戰艦偷襲鄭軍，給從陸面撤離的鄭成功部隊造成巨大的損失。最終，鄭軍在犧牲了兩萬名士兵、幾百艘戰艦後，退出長江流域。雖然勝利，但清軍慘勝，八旗部隊折損過半。

1660年，清帝國在西部戰線徹底擊潰南明政權，永曆帝奔走緬甸。在東部戰線又抵擋住鄭軍的進攻，迫使他們退回廈門。於是，帝國的安南將軍、滿州人達素率領水陸大軍再次進犯廈門，希望徹底解決殘餘的明朝勢力。然而，好不容易重建的滿清水師在廈門戰疫中再次慘敗。在此戰役中，鄭成功親自督軍，鄭軍水師兇猛進攻清朝戰艦。清朝水師全盤覆滅。安南將軍達素逃至福州，畏罪自殺。

1661年，鄭成功再次拒絕清廷的勸降，其父鄭芝龍和鄭氏宗族在北京被斬。至此，清廷已充分意識到他們沒有一點可能挑戰明鄭的海軍。因此，清廷出台了遷界令，從山東到廣東，人民往後遷30里到50里，且不許任何船隻出航。以堅壁清野的方式斬斷鄭家軍的經濟。

這項政策徹底地打擊了明鄭的經濟命脈。不再能透過巨額的沿海貿易利潤來維持明鄭的龐大海軍。除此之外，這項政策也改變了17世紀中國與海洋發展的關係。在當時世界級的尺度內，中國擁有一流的貿易商港，如浙江的溫州、寧波、台州，廣東的廣州、潮州、惠州。但在遷界令的影響下，這幾座大港城市放棄了長期賴以繁榮的海上貿易。其中，人民的生活樣貌也被劇烈地改變。並非所有人都真的遷徙到內陸，在地方上強大的武裝宗族能夠繼續待在限外，且由於遷界令造成的真空，這些大族，更進一步擴大勢力、掌握了更多土地和資源；另一方面，弱勢人民被強制遷徙到內陸，雖然政府給予諸多稅收特權，但大部分人並沒有得到土地，反而成為流離失所的流浪者。這些人或成為內陸的土匪，或成為海盜。福建廣東大量流離失所的人，也成為後來遷居台灣的主要人群。

1661年4月，鄭成功決心進攻台灣，以維持其經濟命脈。當時，荷蘭已控制台灣台南一帶將近40年，建立起了複雜的貿易網與強大的要塞。台灣是荷蘭遠東貿易中的經濟樞紐，帶給新興的荷蘭帝國巨額的財富。當時的荷蘭總督揆一持續關注大陸東南沿海的政治情勢，並且早已收到消息稱，國姓爺準備攻台。台灣總督府與荷蘭東印度公司總部的巴達維亞皆已準備好迎擊鄭軍的來襲。一場東西交戰的世紀風暴即將爆發。