天意
中文史料紀載中的鄭成功是位能文能武、展現民族精神的忠義典範，但荷蘭文獻中的鄭成功卻是一位為達目的、不擇手段的暴君。荷蘭史料紀載，明鄭控制住普羅民遮城以後，有兩位投降的荷蘭人被控煽動原住民叛亂，儘管辯解自己是被栽贓的，鄭成功還是很快地下令將此二人釘在十字架上，每人身上都被釘上七根鐵釘。更有甚者，國姓爺強迫城內所有荷蘭人看著他們受難。當時在場的有投降後被軟禁的原普羅民遮城長官，雅各布‧瓦倫丁(Jacobus Valentyn)，據他回憶，鄭成功對自己人也相當殘暴，部下犯錯、時常被鄭成功一陣鞭子猛打。瓦倫丁也回憶道，有一次，鄭軍營下有位士兵在普羅民遮城見到了自己多年不見的兄弟，士兵的兄弟是在台的農民，農民兄弟於是殺了自己養的牛慶祝這次相遇，士兵也邀請幾位同袍一同慶賀。但這消息為鄭成功所知後，暴跳如雷，下令處死所有與會的人員，因為這座島的一切如今都是鄭家私產了。
因此，不僅熱蘭遮城內，或許明京內降鄭的荷蘭人也對1661年8月出現在台灣外海的12艘荷蘭戰艦感到興奮。然而，8月是東亞海域的颱風季節，難以預測的颱風沉沒了無數艘船隻。即使荷蘭戰艦擁有較好的航海科技，颱風仍然會對戰艦造成巨大的影響。因此，12艘戰艦抵達後，首要任務是將援軍和物資卸載下來。但是，當時大員灣掌握在鄭成功水軍的手裡，即使有火炮優勢，吃水深的荷蘭戰艦難以在水淺的大員灣內發揮優勢。因而，此時荷蘭的戰略目標應是在明鄭援軍從四方回來以前，在陸地上派遣荷蘭火槍兵進攻東都明京。所以，荷蘭必須想辦法讓火槍隊和糧食物資快速登陸。然而，由於颱風和戰艦吃水過深，它們無法靠近熱蘭遮城旁的港口。三天後，即使部份的士兵、火藥、糧食進了熱蘭遮城，主力部隊仍沒法完全登陸，此時，颱風已抵達大員灣，使得艦隊必須離開、駛往安全的水域。荷蘭台灣長官揆一以為艦隊會在放晴後立刻回來，但艦隊指揮官卡烏(Cauw)卻做了致命的決定，率艦航向澎湖、收集物資，三個禮拜後艦隊才回來。荷蘭反攻的黃金時機就這樣沒了。
遲到的海戰：台江內海海戰
然而，即使黃金時間過了，荷蘭仍擁有很大的優勢。首先，明鄭的屯田政策尚未有結果，加上往南北屯墾的部隊皆不受原住民部落的歡迎，傷亡慘重，若進行持久戰，鄭軍難以支撐。當時鄭成功的糧食取得途徑只有兩個，第一，搶奪當地住民的糧食。第二，依靠廈門的接濟。荷蘭台灣長官揆一掌握12艘先進的戰艦，其中5艘是大型驅逐艦，配有30多門大砲，荷蘭人完全可以封鎖澎湖到台灣這一段的航道，使鄭軍斷糧。然而，荷蘭總督府卻做了一項相當愚蠢的決定，他們希望快速解決這場戰事。
1661年9月16日，台灣長官揆一發動總攻。首先，荷蘭要解決位於熱蘭遮城鎮的明鄭炮台。明鄭火炮相當有效率，若正面迎擊，會導致不少戰艦受損，於是揆一決定從砲台的後方襲擊。這使得荷蘭戰艦必須駛入大員灣內。注意，每次只要有颱風，大員灣的沙面結構都會被改變，這次也不例外。新的地理型態使得大型戰艦沒辦法在正確位置上瞄準明鄭砲台，許多炸彈甚至飛越到熱蘭遮城的上空。與此同時，另外7艘中小型驅逐艦，負責保護5艘主力艦隊不被明鄭水軍游擊騷擾。然而，雖然荷蘭擁有優勢火力，但在紀律上卻大輸鄭軍。7艘中小型艦艇眼看炮火迫使明鄭船隊向後撤，因而不顧其原先的職責，深入大員灣、追擊鄭軍的艦隊。但是，越接近陸地，風速降低，這7艘中小型戰艦因而喪失了機動性。等到荷蘭人發覺時，半年前擊潰荷蘭指揮官佩德爾火槍隊的陳澤將軍，再次領著明鄭水軍回來。這次，荷蘭海軍再次遭屠殺。另一方面，這時鄭軍已將砲台轉向敵方的五艘戰艦。荷蘭無法瞄準鄭軍砲台，但後者的火炮準確又有效率。在此過程中，荷蘭最大戰艦被炸毀。雖然另外四艘撤離，但只有三艘順利返回熱蘭遮城，另外一艘擱淺在沙洲上，被鄭軍所奪。至此，荷軍再次大敗。
失敗的聯盟：大清與荷蘭
9月大敗後，荷蘭戰艦再不敢進入大員灣了。1661年10月，揆一命令兩艘早已受損的中型戰艦往北，破壞台灣北邊的兩座荷蘭要塞，以免為鄭軍所用。然而，10月的台灣海峽吹著強烈的東北季風，殘破的戰艦失去了逆風而行的能力，被吹到泉州旁的永寧鎮。該地沿海皆是蓄長髮的明鄭水軍，絲毫不見蓄辮子的滿清臣民。憑藉優勢火力，荷蘭戰艦擊退周遭的明鄭水軍，清軍見此一幕，才派遣使者迎接荷蘭人。這次會面未在事前安排好，雙方之所以被聯繫到一塊兒完全是命運安排。滿清使者領著荷蘭人走陸路到福州，會見閩浙總督李率泰和靖南王耿繼茂。耿繼茂向荷蘭使者提出聯盟的邀請，聲稱大清已備好新的艦隊，希望與荷蘭一同剿滅鄭軍勢力。耿繼茂的信在11月送達熱蘭遮城，揆一見信後相當高興，並深信勝利曙光將重返荷蘭。
另一方面，靠著東北季風之助，廈門方面能運送一些糧食到台灣，鄭成功暫時壓住了糧食危機。因而自10月起，鄭軍開始建立大規模的攻城準備。首先，鄭軍進攻熱蘭遮城西南角的堡壘。同時，熱蘭遮城對面的北線尾沙洲上，鄭軍也建立起一座砲臺，該處原本也有座荷蘭砲台，但在1656年被颱風所毀。特別的是，這次鄭軍所建的砲台與之前的很不一樣，在降鄭的瑞士軍官的協助下，這座砲台具有文藝復興式堡壘的突出架構。該砲台架有20門巨砲，其中有幾門大砲的火力特別強大，鄭軍稱之為「靈熕」，是鄭成功叔父從海底撈獲的、送給了國姓爺。無論這門大砲怎麼來，應該是來自歐洲的沉船。佈署好火力以後，荷蘭人不再能如此輕易地在水道通行、與在港口卸貨。現在轉變為鄭成功封鎖荷蘭人了。
因此，清荷聯盟可以說是命運給揆一的另一次機會。現在的問題是，誰要去回覆耿繼茂呢？作為台灣最高長官，揆一本人無法親自去。這時，巴達維亞艦隊名義上的指揮官卡烏自願，揆一和其他議員沒有理由拒絕他的自薦。然而，自卡烏來到熱蘭遮城，他的指揮權完全被揆一架空，絲毫沒有權力，早就對揆一心生不滿。1661年12月初，當時的空氣冷冽至極，強烈的東北季風呼嘯而過，卡烏一干人率著戰艦出使中國，揆一誠心希望這場聯盟能夠成形。然而，卡烏從未開往中國，而是回到了巴達維亞。卡烏聲稱，因為北風太強勁，他們才無法完成任務。卡烏一邊請求巴達維亞支援台灣，一邊打揆一的小報告、批評他毫無領導能力。
最終戰：決戰熱蘭遮城
根據一位荷蘭俘虜的紀錄，1661年12月時，鄭成功的確沒有全面進攻熱蘭遮城的打算，而是準備出征大肚王國，打算用大肚王的血來祭數百名被屠殺的鄭軍的靈。然而，好巧不巧，鄭成功收到一假消息，稱荷蘭給了清帝國十箱黃金與其它奢侈品，而清軍也同意了七千人的援軍部隊。鄭成功知道後相當震驚，於是終止了北征的行動，準備全面進攻熱蘭遮城。1662年1月的某一天日出後，大霧逐漸散去，守衛西南角的荷蘭士兵才意識到鄭軍在碉堡下面一點的位置，建立起一座文藝復興式的半月形堡壘，是降鄭的荷蘭軍官協助設計的。揆一大吃一驚，這個位置熱蘭遮城的砲火覆蓋不及，但新的鄭軍堡壘卻可以轟炸碉堡，等到碉堡被毀後，鄭軍就可以佔據高地建砲台，直接將砲火轟進熱蘭遮城。荷蘭方面沒有太多事情能做，他們人數不足，沒有辦法派4、500人強攻下那座半月型堡壘，只能加強城堡和碉堡的防禦能力。
1662年1月25日，鄭成功下令總攻，鄭軍炮火從四面而來。荷蘭方面最精銳的炮手被移至城堡西南方，抵擋鄭軍最猛烈的火炮攻勢。一名荷蘭俘虜在東都見到鄭軍絕大部分的砲火朝向那座碉堡，並說道：
鄭軍的砲火是如此猛烈與持續，以至於該堡壘的灰泥一下子就 從白色被打成了紅色。
(So strong and sustained were the cannonades, that the redoubt quickly lost the whiteness of the mortar and showed itself very red.)
現在的情況是，熱蘭遮城的火炮幾乎打不到鄭軍的堡壘，但鄭軍卻可以恣意砲轟熱蘭遮城。有些記錄說當天鄭軍打了1700枚砲彈，揆一的秘書則說2500枚。這些數字事實上不太可信，畢竟19世紀時的歐洲大砲也很難在一天內發射這麼多砲彈。這些數字都是揆一和其他荷蘭官員在事後受審時所供，它們理當有點誇大，為了減輕他們的責任。但透過這個數字，我們可以了解鄭軍花費了多大力氣進攻這座城池。到了晚上，碉堡三面皆徹底毀掉，揆一下令炸毀那座碉堡，以免為鄭軍所用。然而，炸毀那座碉堡並未減緩鄭軍的攻勢。1月26日，荷蘭人見到更加絕望的景象，鄭軍極其有效率地在那個高地上堆建起砲台，如今，鄭成功的炸彈能直接從該處打到熱蘭遮城內的心臟位置。揆一招開一場簡短的會議，議員們一致同意開城投降。1662年2月，倖存的荷蘭東印度公司官員、軍人、家屬永遠離開了福爾摩沙。
國姓爺之死
攻下熱蘭遮城後，鄭成功並未放鬆、甚至有一點開心的感覺都沒有。在其作的一首詩〈復台〉中，鄭成功說道：
開闢荊榛逐荷夷，十年始克復先基
田橫尚有三千客，茹苦間關不忍離
鄭成功，《復台》
頭兩句的意思是，鄭成功花費了很大的力氣建設台灣、驅逐荷蘭人，整整十年的準備讓他恢復了祖先的基業。這裡意思並非台灣自古屬於大明，正好相反，鄭成功一直認為台灣是鄭家的私產，是鄭芝龍開發的，只是後來為荷蘭人所竊據。「田橫尚有三千客，茹苦間關不忍離」。史記裡面的田橫在秦末時期稱齊王，養有五百食客，但後來劉邦取得天下後，田橫不願意向劉邦稱臣，於是在洛陽自刎。田橫的五百食客在山東外的海島上聞此消息後，全一同跳海自盡。鄭成功於此處自比為田橫的食客，不忍心背叛他的主君，所以說茹苦間關不忍離。
事實上，當時鄭成功為兩件事所煩惱。第一，他聽聞在菲律賓的西班牙又準備屠殺當地的華人，於是他招來天主教傳教士李科羅，為其捎信給西班牙總督，要求他們進貢、臣服於他，否則就要血洗西班牙。第二，在台灣的鄭成功與廈門的關係越來越差。尤其是1662年的春末，鄭成功聽聞其長子鄭經與弟弟的乳母通姦，並誕下一子。鄭成功怒不可遏，稱此為亂倫，要求廈門的負責人繼兄鄭泰殺了鄭經、乳母、他們的嬰兒與鄭成功的大房夫人，因為大房沒有管好家裡。然而，鄭泰殺了乳母，卻拒絕處死鄭經和夫人。鄭成功聞訊後極端憤怒。根據一份文獻紀載，鄭成功在1662年春末到6月，狀態有很大的變化。過去的他雖然殘暴，但他的理智仍然幫助他作正確的選擇。然而，這時期的鄭成功常常幾乎是發狂的狀態，時常做出不明智的決定。根據一份中文文獻紀載，五月初一、西曆6月13日，鄭成功已受風寒，但當時仍在處理政務。但病情很快急轉直下，西曆6月23日，鄭成功將藥丟在地上，大呼：
自國家飄零以來，枕戈泣血十有七年，進退無據，罪案日增；今又屏跡遐荒，遽捐人世，忠孝兩虧，死不瞑目！天乎！天乎！何使孤臣至於此極也！
夏琳，《閩海紀要》
意思是，「自從國家有難開始，已從戎17年，已是進退無據，又增了很多孽。如今，我困於一邊荒之地，馬上就會離開人世了。忠孝兩虧，我這是死不瞑目！老天為何讓我這孤臣到此極地呢？」這份紀錄說鄭成功最後頓足捶胸致死、有些紀錄則說鄭成功是抓爛自己的臉而死。荷蘭方面的紀錄說：
國姓爺是用自己的嘴巴咬爛自己的肉，這是上帝的正義，這個砍別人手足的異教徒，現在咬爛了他自己。
(His horrible mouth bites desperately
Matthijs Cramer, Borts voyagie near de kuste van China en Formosa (1662–1664).
Into his very own flesh
That’s how God’s justice works:
He who chopped off others’ hands
Now bites off his own.)
有學者推測鄭成功是死於瘧疾，有人推測是梅毒。無論如何，鄭成功的死給鄭氏家族巨大的衝擊。由於鄭成功年初下令處死世子鄭經，延平郡王的傳位順序沒譜了。鄭成功驟逝後，在台將領擁立成功之弟鄭襲即位，自號「東都主」。然而，廈門的鄭經自號「世藩」，準備東征靖難、搶奪王位。鄭經最終控制了台灣，並改「東都明京」為「東寧」。在鄭經的手上，明鄭在台灣建立起穩定的政治結構，然而我們對這段歷史仍然所知甚少。未來有機會的話，歷史衛視會在寫寫關於鄭經時代的文章/視頻。